Problémy s linuxem

• Používání terminálu - Uživatel je často nucen jít do terminálu a operace, které by byly pomocí GUI snadné a rychlé, musí provádět složitě v v textovém příkazovém řádku.
• Nastavení systému - Ve většině distribucí chybí ucelený a podrobný systém nastavení počítače. Podobně jako "Ovládací panely" ve Windows. V mnoha distribucích stále chybí třeba nástroj pro výběr grafického ovladače a nastavení X11.
• Nesvobodné grafické ovladače - Dlouhodobé problémy s nesvobodnými binárními grafickými ovladači a nevyřešené svobodné ovladače pro karty ATI a Nvidia. Pokud nejdou instalovány jako podporované balíčky distribuce, tak při následující aktualizaci jádra pravděpodobně přestanou fungovat
• Adresářová struktura - Komplikovaná a pro lidi neintuitivní adresářová struktura. Samotný operační systém by měl být umístěn pouze v jedné složce a ne rozházený po celé adresářové struktuře. Virtuální souborový systém se možná zdál dříve jako zjednodušení a výhoda, ale v dnešní době je to jen nepraktická komplikace co vše spíše komplikuje a znepřehledňuje.
• Pomalé vykreslování GUI - Grafický systém X11 možná za dlouhou dobu své existence prodělal mnoho vylepšení a optimalizací. Přesto je stále výkon a odezva GUI aplikací na Linuxu citelně horší než na Windows na stejném počítači. X11 je však koncipován jako síťový server s podporou pro přenos po síti, který však na většině počítačů využíván pouze místně. Pak logicky nemůže být tak rychlý jako jiné GUI, které pracuje s přímým vykreslováním.
• Nejednota - Díky open source povaze systému a aplikací existuje příliš mnoho různých variant a odvozenin a uživatelské tak nemá žádné standardní rozhraní, které by se mohl naučit a zvyknout si na něj. Přitom i v případě Open Source může dojít při vývoji ke špatným rozhodnutím, které tuto situaci ještě podporují. Za všechny lze zmínit např. KDE 4, GNOME 3 nebo Unity, kde se vývojáři zaměřují na určitá vylepšení, ale zároveň kazí již funkční, zažité a ověřené funkce.
• Těsné linkování knihoven - Na platformě linux je nutné knihovny vázat k programům těsnou vazbou, což vede k časté nutnosti znovupřeložení a sestavování mnoha aplikací. Nové aplikace leze jednoduše spouštět se starými knihovnami. Při sestavení je potřeba mít dané knihovny a nestačí znát je samotné rozhraní knihoven. Také díky nejednotě a pohodlnosti programátorů mnoho open source programů je nutné instalovat ručně pomocí příkazů terminálu a překládat je na počítači místo jednoduché instalace již přeložených binárních souborů.