Problémy s linuxem
- Používání terminálu - Uživatel je často nucen jít do terminálu a operace, které by byly pomocí GUI snadné a rychlé, musí provádět složitě v v textovém příkazovém řádku.
- Nastavení systému - Ve většině distribucí chybí ucelený a podrobný systém nastavení počítače. Podobně jako "Ovládací panely" ve Windows. V mnoha distribucích stále chybí třeba nástroj pro výběr grafického ovladače a nastavení X11.
- Nesvobodné grafické ovladače - Dlouhodobé problémy s nesvobodnými binárními grafickými ovladači a nevyřešené svobodné ovladače pro karty ATI a Nvidia. Pokud nejdou instalovány jako podporované balíčky distribuce, tak při následující aktualizaci jádra pravděpodobně přestanou fungovat
- Adresářová struktura - Komplikovaná a pro lidi neintuitivní adresářová struktura. Samotný operační systém by měl být umístěn pouze v jedné složce a ne rozházený po celé adresářové struktuře. Virtuální souborový systém se možná zdál dříve jako zjednodušení a výhoda, ale v dnešní době je to jen nepraktická komplikace co vše spíše komplikuje a znepřehledňuje.
- Pomalé vykreslování GUI - Grafický systém X11 možná za dlouhou dobu své existence prodělal mnoho vylepšení a optimalizací. Přesto je stále výkon a odezva GUI aplikací na Linuxu citelně horší než na Windows na stejném počítači. X11 je však koncipován jako síťový server s podporou pro přenos po síti, který však na většině počítačů využíván pouze místně. Pak logicky nemůže být tak rychlý jako jiné GUI, které pracuje s přímým vykreslováním.